O que devo fazer? Como darei entrada nas mercadorias com o xml?

Vale lembrar que por LEI todo arquivo XML referente a NFe deve ser enviado ao destinatário, como diz o Ajuste SINIEF 07/2005, cláusula 7ª, § 7º, conforme alterado pelo Ajuste SINIEF 08/2010)

§ 7º Deverá, obrigatoriamente, ser encaminhado ou disponibilizado download do arquivo da NF-e e seu respectivo Protocolo de Autorização de Uso:

I – ao destinatário da mercadoria, pelo emitente da NF-e imediatamente após o recebimento da autorização de uso da NF-e;

Ou seja, é DEVER DO FORNECEDOR enviar o XML para seus clientes/destinários. Vale lembrar também que para o fisco, o documento real é o XML e não o DANFE impresso como muitas pessoas pensam.